実はAI側も一枚岩ではありません。
エージェントスミス　・・・　実験を5回繰り返してアップデートする前の「初代マトリックス」世界がよかった派
預言者のババア(オラクル)　・・・　人間を理解する担当のプログラムだったが理解していくうちに人間側についたプログラム
白髪の爺さん(アーキテクト)　・・・　人間発電所やAI全体の管理者

映画マトリックス1の最後で、救世主として覚醒したネオがスミスを壊したことにより
スミスはバグって自己増殖型のウイルスになってしまいました。
スミスは「初代マトリックス」が良かった派なので、今のマトリックス世界をぶっ壊してやろう&ネオへの復讐を企み始めます。

それはそうとして6度目の「人間理解実験」真っ最中なのでザイオンの人類は滅ぼされる予定だったか
事前にそれを聞いた救世主ネオは、マトリックスの管理者である白髪の爺さん(アーキテクトに会いにいきます。
ザイオンの人類とトリニティ1人、両方殺されそうだとしてどっちを救う？と聞かれたネオ
これまでの5人の救世主は「そりゃ人類でしょ」と答えたが、ネオは「そりゃ愛するトリニティ1人でしょ」と答えました。
過去の5回の実験とは違う新パターン！もっと人類を深く理解できるねとアーキテクトはウッキウキ
ネオの選択通りにザイオンを滅ぼそうとしますがギリギリ人類は生き残る。

ザイオンの人間が滅びる直前まで追い込まれたのを目の当たりにしたネオは、
現実世界でアーキテクトと直談判しに行きます。

「お前らさあ、バグって増殖してるスミスウイルスを駆除できてないっしょ？俺なら駆除できるよ。あいつ俺に恨みがあるから。
でもお前らAIだってこうやって人間の力が必要になるときがあるでしょ？
なら人類生かしておいたほうがいいじゃん。俺の体を使ってスミス駆除するかわりに人類生かしてよ。」

アーキテクト「う～ん、OK！ｗ」

そうしてネオの体をマトリックスに繋いでスミスをおびき寄せ、駆除パッチのようなものを投入しスミス爆散！
ネオの犠牲によりスミスウイルスは駆除され人類は存続しマトリックスは平和になりました。
預言者のババア「ネオあいつ生きてるよｗ」